Na zacetku leta 1999 je bila stara Fundacija European Art Manifestation razpušcena in na novo vzpostavljena kot Evropski Fundacija Manifesta, registrirana v Rotterdamu na Nizozemskem. To fundacijo vodi mednarodni odbor. Temeljne naloge odbora so zagotavljanje dolgorocne prihodnosti Manifeste, formuliranje strateških politik pri organizaciji, izbira gostiteljskih mest za programe dejavnosti na bienalu in, kot že poprej, odgovornost za umetniško podobo in celovitost prireditev ter imenovanje ekip kustosov. Sestava odbora se bo redno spreminjala. Sedanji clani na novo vzpostavljenega odbora so Chris Dercon, Hedwig Fijen (generalna sekretarka), Henry Meyric Hughes (predsednik), Kasper König, Enrico Lunghi, Hans-Ulrich Obrist, Lilijana Stepancic, Barbara Vanderlinden in Igor Zabel.

Nacrti za bližnjo prihodnost zajemajo uspešno izvedbo Manifeste 3 leta 2000 v Ljubljani in izbiro gostiteljskega mesta Manifeste 4 za leto 2002. Ko bo zagotovljena potrebna financna podpora, namerava odbor ustanoviti tajništvo organizacije kot celote, poleg tega pa tudi RESOURCE CENTRE, ki bo zajemal mrežo in arhiv ter bo dostopen tako strokovnjakom kot tudi širši javnosti.